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| Code Block |
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nextflow run nf-core/rnaseq -profile singularity -resume -r 3.14.1 \
--input samplesheet.csv \
--outdir results \
--genome GRCm38 \
--aligner star_salmon \
--extra_trimgalore_args "--quality 30 --clip_r1 10 --clip_r2 10 --three_prime_clip_r1 1 --three_prime_clip_r2 1 " |
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