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| Code Block |
|---|
#!/bin/bash -l
#PBS -N nano-Q
#PBS -l walltime=24:00:00
#PBS -l mem=16gb
#PBS -l ncpus=8
cd $PBS_O_WORKDIR
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# USER DEFINE VARIABLES
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SAMPLEID=NC483
REFNAME=NC001477_RefGenome
LIST='/work/phylo/OxfordNanopore/nextflow/assembly/data/NC483/NC483_NC001477_ref_list.txt'
REF='/work/phylo/OxfordNanopore/nextflow/assembly/data/NC483/NC483_NC001477_reference_sequence.fasta'
ONT='/work/phylo/OxfordNanopore/nextflow/assembly/data/NC483/NC483_FAU10290_pass_barcode96_0cf303ee.fastq'
################################################################################################################################
#activate conda environment containing tools for analysis
conda activate nanoQ2
#generic mapping reads
minimap2 -a $REF $ONT > ${SAMPLEID}_aln.sam
#mapping noisy reads
#minimap2 -ax $REF $ONT > ${SAMPLEID}_aln2.sam
#Samtools
samtools view -bt ${LIST} -o ${SAMPLEID}_aln.bam ${SAMPLEID}_aln.sam
samtools sort -T /tmp/aln.sorted -o ${SAMPLEID}_aln.sorted.bam ${SAMPLEID}_aln.bam
samtools index ${SAMPLEID}_aln.sorted.bam |
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